Структурата на директориите е базирана на Unix File system Hierarchy Standard (FHS). Следователно всички директории в Кали са структурирани на базата на този стандард.
В Уиндолс знаем, че root директорията е C:\
В Кали е / .
В руут директорията има доста други директории, но като за начало тези, които ще са ви най-полезни и необходими са:
/bin/ - съдържа програми, които постоянно ще използваме, като ls (list contents of a directory), cd (change dir) и други.
/sbin/ - съдържа системни команди
/etc/ - съдържа конфигурационни файлове за администриране на системата (например /etc/passwd)
/tmp/ - съдържа временни файлове, които ще бъдат вероятно изтрити при стартиране на машината
/usr - съдържа много поддиректории, които са важни за нас например:
/usr/bin/ - съдържа апликации, като apt, ncat, nmap...
/usr/share/ - съдържа дата файлове, които поддържат системата и програмите. Тук също ще намерим уордлисти, като инсталираме seclists и други важни данни и информация.
/boot - тази директория съдържа файловете за зареждане на операционната система (bootloader).
/dev - системни конфигурационни файлове
/sys - съдържа конфигурационните файлове на устройства и драйвъри
/proc - тази директория съдържа процесите и кърнъл информационни файлове
/mnt - тази директория съдържа файлови споделени пространства, които сме mount-нали.
/opt - опционални файлове, като адони, допълнителни софтуери от гитхъб и прочие
/var - тази директория държи информация за бази данни, логове, сайтове ( например /var/www/html)
Root директорията (/) не е същата, като root директорията на потребителя ( /root ). Всъщност root означава "корен" - в буквален смисъл е корена на дървото - всички директории започват от тук (/) нагоре. Съответно може да се подразбере, че руут директорията на юзъра е корена и началото на всички директории обвързани с този юзър.